ЛИОТ МФТИ

ЛИОТ МФТИ с партнёрами провели первый в России хакатон по биоинформатике

«Идея пришла ко мне осенью, в череде хакатонов по другим темам, – говорит Пётр Федин, соорганизатор GeneHack и аналитик ЛИОТ. – Я тогда подумал, что биоинформатика – интересная тема, но по ней не делают хакатоны. Через какое-то время на встрече с коллегами из Фонда поддержки передовых биотехнологий эта идея снова всплыла, и её неожиданно горячо поддержал сотрудник фонда Deep Knowledge Ventures и руководитель группы биоинформатики Центра Биогеронтологии и Регенеративной Медицины Андрей Гаража, за что ему огромное спасибо. Так всё и завертелось. Формат обкатанный, понятно, что и как делать, с этой стороны было несложно. Собрать команду удалось быстро — идея понравилась Вите Степановой и Юрию Пекову, двум молодым ученым-биоинформатикам, выпускникам факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ, а оргвопросы на себя взвалила Елизавета Чернягина, директор Биотехфонда и выпускница ФБМФ. Сложнее было объяснить кураторам и партнёрам, что мы пытаемся сделать и чего хотим от них. Но зато когда это удавалось, они неизменно загорались».

Хакатон – это двое суток непрерывной работы над какими-нибудь практическими задачами, обычно из одной области. Организаторы предлагают участникам индустрию, тему или продукт, а участники объединяются в команды, придумывают некоторое решение и за пару дней стараются довести его до рабочего состояния. ЛИОТ проводит уже не первое такое мероприятие – например, минувшей осенью прошёл хакатон по образовательным технологиям.

«GeneHack немного отличался от обычного хакатона, – рассказывает Пётр Федин. – Обычно задается только общая тематика и набор рекомендуемых технологий, а участники сами придумывают себе проекты. Специфика биоинформатики в том, что студентам практически невозможно с нуля придумать и реализовать проект — им неоткуда просто так взять гигабайты данных, а биоинформатика как раз и сосредоточена на сборе данных разных видов и автоматизации их анализа. Поэтому мы заранее попросили десяток разных кураторов подготовить задачи и массивы данных, которые и предложили участникам».

Всего получилось тринадцать задач. Среди них была, например, задача по разработке удобного браузерного просмотрщика и редактора филогенетических деревьев. Ещё участникам предложили создать инструмент для автоматического анализа регенеративной способности клеток кожи человека, проверить, есть ли признаки предпочтения кодонов в белок­кодирующих последовательностях генома H.pylori, приводящего к увеличению числа слов CCGG, и исследовать, как много позиций в референсном геноме соотвествуют вариантам, редко встречающимся в популяции.

Если вы поняли только предлоги и союзы, вы не одиноки: по разным подсчётам, до половины участников хакатона прежде не имели представления о биологии и биоинформатике. Математики, программисты, сотрудники технологических компаний, постоянные участники хакатонов ЛИОТ и научные сотрудники самых разных организаций погружались в тему буквально на скаку.

Процесс, как это обычно бывает на хакатонах, получился захватывающим: люди не спали и не ели, проверяя гипотезы и обрабатывая данные. Вот как написал об этом участник хакатона и сотрудник Яндекса Алекс Капранов: «Соседние команды в большинстве своём занимались магией ещё более высокого уровня. Классифицировали что-то очень важное на двух мощных видеокартах с помощью CUDA, составляли базы данных по препаратам, имеющим эффект борьбы со старением, топологически сортировали большие графы, рисовали филогенетические деревья, а также делали красивые презентации в Prezi. [...] Достаточно сказать, что во второй день я таки забыл пообедать. Хакатон получился великолепный, точно лучший из тех, где я был».

Российских биоинформатиков много, но не все они друг друга знают. Кроме того, у биологов и программистов почти нет выходов друг на друга. Поэтому задачей хакатона было создать площадку для знакомства разных специалистов и сплотить сообщество. Так всё и получилось. Скажем, один из победителей — команда из 4 человек: двое биологов с биофака МГУ и два студента-программиста с ФИВТ МФТИ, а значит, хакатону удалось содействовать созданию междисциплинарных команд. Биоинформатики попробовали новый формат и познакомились между собой, айтишники пришли в тему и попробовали свои силы на непривычных и интересных задачах, а главное – стало понятно, что проводить хакатоны в этой области возможно и что получаются они эффективными.

Интерес к области очевиден: о предстоящем мероприятии написали Lenta.ru и Комсомольская правда, а о том, что оно состоялось, – Yahoo.News.

Кураторы и члены жюри остались довольны форматом и результатами. Так что организаторы планируют второй GeneHack, который состоится уже осенью. Кроме того, ЛИОТ продолжит проводить хакатоны по разным темам: нейроинтерфейсам, машинному обучению, компьютерному зрению и распознаванию речи. Следите за анонсами на сайте.
Рейтинг 0

Комментарии

Комментариев пока нет.

Добавление комментария